יונתן נולד בהולנד בכ"ט בתמוז תשל"א (22.7.1971). ב-1975 עלתה המשפחה לארץ, הם התיישבו במושב הנוצרי נס עמים בגליל המערבי. ב-1993 המשפחה החליטה לחזור להולנד, אך יונתן, שקיבל את צו הגיוס שציפה לו ממושכות, החליט להישאר בארץ ולהתגייס כחייל בודד. לאחר גיוסו הוא שירת ביחידת פלס"ר 500 ארבעה חודשים וסיים מסלול בפלס"ר 785 וקורס פיקודי בחיל השריון. אחרי שחרורו מצה"ל הצליח יונתן להגשים עוד חלום והתגייס ליחידת הימ"מ של משמר הגבול. עם תחילת השירות עבר לגור במרכז תל אביב. ב-1998 הוא עבר לגור במושב בן שמן עם חברתו איה.
ביום ב' בטבת תשס"א (28.12.2000) נקרא רב-סמל ראשון יונתן לפרק מטען חבלה במעבר סופה בדרום, בגבול רצועת עזה. הוא הצליח לנטרל את המטען, אך לפני עזיבתו את המקום התפוצץ מטען נוסף, שאותו לא זיהו אנשי העמדה, ויונתן וחייל נוסף נהרגו.
יונתן היה בן עשרים ותשע בנפלו. הוא הובא למנוחות בבית העלמין בחניתה.