חכם יוסף הכהן, בגיל צעיר נתייתם משני הוריו וגדל בבית דודו חכם יצחק הכהן. הגה והתמיד בתורה בבית המדרש "בית יעקב ויגה", רבו היה הראשון לציון חכם משה גלנטי.
לאחר פטירת רבו, ומאחר ורבו ההתנכלויות לתושבי ירושלים, נדד חכם יוסף לאירופה, שם למד עם חכמיה ונשא דרשות בציבור.
באחת ממסעותיו הגיע לעיר אמסטרדם שבהולנד, שם פגש את נכדו של רבו הראשון לציון חכם משה גלנטי, הם חברו יחד להדפיס את ספרו "זבח שלמים. כמו כן הדפיס את ספרי "האדרא רבה" ו"האדרא זוטא". בנוסף לזה הדפיס את ספר "דברי יוסף" ספר דרשותיו.
תאריך פטירתו אינו ידוע, אולם מציינים את פטירתו בל' כסלו, יום שבו חתם את ספרו דברי יוסף.